Nederland

Het ministerie van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit is samen met de Provincies verantwoordelijk voor beleidsontwikkeling en afspraken over de bescherming van dagvlinders.
In de Rode Lijst Dagvlinders staat het gentiaanblauwtje als bedreigd te boek. 

Het gentiaanblauwtje geldt als doelsoort in het natuurbeleid op grond van alle drie itz-criteria: zijn internationale belang (i; IUCN Red List), de dalende trend in zijn voorkomen (t) en zijn huidige zeldzaamheid (z).

In het Handboek Natuurdoeltypen wordt het gentiaanblauwtje als doelsoort genoemd voor de volgende natuurdoeltypen:

• 1.1 Hoogveenlandschap
• 1.2 Nagenoeg natuurlijk zand- en beekdallandschap
• 2.2 Begeleid-natuurlijk zandlandschap 
• 3.29 Nat schraalgrasland 
• 3.42 Natte heide
  

Het belang van de typen 1.2, 2.2 en 3.42 voor het behoud van de soort is groot en van de typen 1.1 en 3.29 klein.

Binnen de Subsidieregeling Natuurbeheer 2000 is het gentiaanblauwtje opgenomen als meetsoort voor het Pluspakket Natte Heide.

Het gentiaanblauwtje geniet geen wettelijke bescherming krachtens de Flora- en Faunawet, maar zijn waardplant de klokjesgentiaan wel.